Entre o período de dominação abádida e o fim da islamização do Gharb, em meados do século XIII, a região conheceu, de forma quase permanente, revoltas e épocas de agitação. Apenas os almóadas, entre 1154-55/549 e 1214/611, controlaram efetivamente a região.

Nesta altura, o Algarve caracteriza-se por uma especificidade: É dada prioridade aos valores morais na definição da elite. No século XII, o Gharb é o berço do movimento soufi dos muridun, ou seja, dos homens desprovidos de todo o apoio de clã, financeiro e político, e enobrecidos (elevados ao poder) pela sua piedade e sabedoria.

A primeira parte do século XIII teve como marcos significativos a conquista definitiva de Alcácer do Sal (1217/613) e a passagem do Alentejo meridional para mãos cristãs (entre 1232/629 e 1238/635).

O Algarve foi conquistado em dois momentos distintos: Primeiro, o Sotavento e só década e meia o Barlavento. D. Afonso III ocupou Faro em 1249.

A partir de meados do século XIII, a região meridional integrou o reino de Portugal.

Ibn Mahfuz, qa’id de Niebla, foi o último príncipe independente do Algarve.